Thực tế, trong vòng 30 năm trở lại đây, người dân chủ yếu sử dụng phân bón vô cơ do áp lực thâm canh tăng năng suất và những tiện dụng như gọn nhẹ, tác động nhanh đến sinh trưởng cây trồng. Tập quán, thói quen sử dụng phân hữu cơ bị mai một dần do loại phân bón này cồng kềnh, tăng chi phí vận chuyển và tác dụng chậm. Sự hiểu biết và quan tâm của xã hội, các cấp chính quyền và người dân với phân bón hữu cơ còn nhiều hạn chế, tư duy nặng về số lượng, năng suất và ít ai quan tâm đến chất lượng, do vậy việc đầu tư cho mục tiêu năng suất luôn được ưu tiên mà chưa chú trọng đến sự cần thiết phải xây dựng một nền sản xuất nông nghiệp sạch, chất lượng cao, hiệu quả và bền vững để tham gia vào chuỗi giá trị toàn cầu.

Các công trình nghiên cứu của FAO và WHO cho biết chưa có một loại phân bón hóa học nào dùng trong nông nghiệp mà không gây độc hại cho con người, nó có thể gây đột biến nhiễm sắc thể và nhiều bệnh khác; Có nhiều loại cây bị đột biến gen, thay đổi cơ chế di truyền, làm giảm phẩm chất độ thơm ngon của nông sản; Việc sử dụng phân bón hóa học liên tục còn làm ô nhiễm môi trường, đất bị bạc màu suy thoái; Hệ vi sinh vật đất bị xáo trộn, giảm hệ sinh vật đất.

Ở Việt Nam, trung bình mỗi năm đổ xuống đồng ruộng khoảng 165 triệu tấn phân bón các loại, trong đó chủ yếu là phân hóa học. Nông dân sử dụng đất quay vòng nhiều lần, đất bị vắt kiệt, chai hóa trầm trọng. Vì vậy, nếu không thay đổi tư duy về sản xuất nông nghiệp thì không thể có một nền nông nghiệp hữu cơ hàng hóa bền vững, đột phá.

Phân bón hữu cơ là loại phân bón có nguồn gốc từ các chất hữu cơ, vi sinh vật, động vật, thực vật… Trong phân bón hữu cơ lại bao gồm các loại phân bón khác nhau: phân hữu cơ truyền thống, phân hữu cơ vi sinh, phân hữu cơ khoáng, phân hữu cơ sinh học.

Tuy nhiên, tình trạng phổ biến hiện nay là người dân sử dụng phân bón hữu cơ theo kinh nghiệm, thói quen hoặc theo hướng dẫn của người bán hàng và nhãn mác sản phẩm  mà chưa có định hướng, tập huấn bài bản về tác dụng lâu dài của phân bón hữu cơ, cách thức phối hợp cân đối giữa phân bón vô cơ và hữu cơ. Cùng với đó, người nông dân cũng có rất ít cơ hội được tiếp cận, tìm hiểu về các mô hình sử dụng phân bón hữu cơ cân đối, hiệu quả phù hợp trên từng chân đất, đối tượng cây trồng, mùa vụ và thời kỳ sinh trưởng phát triển khác nhau của cây trồng.

Thực trạng hiện nay, mỗi năm nước ta có khoảng 200 triệu tấn chất thải hữu cơ từ sản xuất chăn nuôi, trồng trọt, thủy sản, công nghiệp chế biến, rác thải sinh hoạt và chất hữu cơ tự nhiên (rong biển, tảo biển…) có thể khai thác để sử dụng làm nguyên liệu sản xuất phân bón hữu cơ.

Theo thống kê sơ bộ, nguồn nguyên liệu đầu vào của các nhà máy đang sử dụng hiện nay cho thấy sử dụng than bùn làm nguyên liệu chính để sản xuất phân bón hữu cơ là phổ biến nhất (59% nhà máy sử dụng), sau đó mới đến chất thải chăn nuôi (43%), tiếp theo là chất thải chế biến thực vật; phụ phẩm trồng trọt; chất thải chế biến động vật, thủy sản; rác thải sinh hoạt hữu cơ và thấp nhất là rong, tảo biển.

Như vậy có thể thấy, tiềm năng về nguyên liệu để phát triển phân bón hữu cơ trong nước là rất lớn, cần phải có giải pháp khai thác triệt để, hiệu quả các nguồn nguyên liệu hữu cơ trong nước để thúc đẩy phát triển sản xuất và sử dụng phân bón hữu cơ.

Khi bón phân hữu cơ cho đất qua quá trình lâu dài sẽ có ảnh hưởng lớn đến cả hệ thống sinh thái cây trồng và môi trường sống, bón phân hữu cơ sẽ:

Nâng cao độ phì nhiêu và làm đất tơi xốp: Phân bón hữu cơ được sử dụng cho việc cải tạo đất, cân bằng độ pH và bổ sung những dưỡng chất bị thiếu hụt, bị mất đi trong quá trình canh tác, gieo trồng và sản xuất nông nghiệp không đúng cách cho đất.

Nâng cao chất lượng sản phẩm: Nhiều nghiên cứu cho thấy, dù là một giống cây trồng nhưng trồng trong các điều kiện canh tác khác nhau sẽ mang đến chất lượng khác nhau. Nên phân bón hữu cơ sinh học được khuyến khích sử dụng. Bên cạnh đó, các loại cây trồng ngắn ngày (cây hoa màu, cây rau) dễ bị ảnh hưởng đến chất lượng nhất. Việc lạm dụng phân bón hóa học hay thuốc bảo vệ thực vật, thuốc kích thích tăng trưởng,… dư lượng hóa chất sẽ bị tồn đọng trên sản phẩm và không đảm bảo được thời gian cách li.

Do đó, nếu hướng đến việc xuất khẩu các mặt hàng nông sản, sản phẩm có chất lượng cao, thì các chuyên gia khuyến khích nên sử dụng phân bón hữu cơ để canh tác, vừa mang lại chất lượng tốt, vừa không gây ô nhiễm môi trường và giữ nguyên được kết cấu đất. 

Hạn chế xói mòn đất và rửa trôi các chất dinh dưỡng: Phân hữu cơ thường có các nguyên liệu như rơm rạ, xác cây… sẽ giúp cho việc hạn chế bề mặt đất tiếp xúc trực tiếp với dòng nước, giảm thiểu áp lực dòng chảy của nước khi trời mưa lớn và đặc biệt ở các vùng đất có địa hình dốc. Từ đó, sẽ có tác dụng làm đất tơi xốp hơn, tăng khả năng thấm nước và giữ chặt các chất ở dạng ion hay các phân tử dưới dạng liên kết bền vững.

Bón phân hữu cơ cho đất còn có tác dụng làm sạch nguồn nước: Với các chất hữu cơ có trong phân bón ngoài tác dụng cung cấp dưỡng chất giúp cây trồng phát triển thì chúng còn thực hiện chức năng hút hoặc giữ lại các chất hòa tan độc hại có thành phần của nước như H2S, hoặc lượng phân bón hóa học còn tồn đọng sau khi cây trồng sử dụng. Dưới tác động của nhiệt độ, kết hợp với độ ẩm, cùng các vi sinh vật có lợi trong phân bón hữu cơ sẽ thực hiện phân hủy các chất độc này thành các chất ít độc hơn hay không còn gây ra độc hại cho người và động vật.

Bón phân hữu cơ cho đất có tác dụng giảm sâu bệnh hại và hạn chế sử dụng thuốc bảo vệ thực vật: Trong quá trình canh tác thường xuyên và liên tục, cây trồng sinh trưởng và phát triển sẽ là môi trường sống lý tưởng với nguồn thức ăn dồi dào, hấp dẫn các loại côn trùng đến sinh sống và phá hại. Nếu sử dụng phân bón hóa học quá nhiều, lá cây sẽ to và mỏng hơn nên dễ bị sâu ăn lá và các loại nấm phá hại. Ngược lại, khi sử dụng phân bón hữu cơ sẽ giúp các bộ phận cành lá, cây cứng cáp hơn, lá dày, tăng sức đề kháng, khả năng chịu đựng các điều kiện bất lợi cũng tốt hơn, do vậy cây ít bị sâu bệnh hại. Và từ đó sẽ hạn chế tối đa việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật.

Một lý do đáng quan tâm nữa khi bón phân hữu cơ cho đất có tác dụng tạo môi trường tốt cho các vi sinh vật có lợi trong đất hoạt động và phát triển. Trái ngược với phân bón hóa học sẽ gây ảnh hưởng nghiêm trọng, gây ảnh hưởng đến môi trường sống của các loài vi sinh vật có lợi trong đất tồn tại và phát triển, thì phân bón hữu cơ sau khi phân hủy sẽ cung cấp mùn cho đất, làm tăng độ pH, cân bằng dưỡng chất, cải tạo đất giúp cấu trúc của đất trở về dạng nguyên thủy, độ chua đất giảm và tạo điều kiện cho các vi sinh vật có lợi trong đất phát triển trong môi trường tốt nhất. Sau mỗi vụ thu hoạch, nguồn rơm rạ, tàn dư thực vật được bón trả lại cho đất sẽ làm cho đất tơi xốp, các chất mùn trong phân bón hữu cơ sẽ trở thành nguồn thức ăn dồi dào cho các loài vi sinh vật có lợi phát triển, sinh sôi tăng trưởng về số lượng và làm ức chế, suy giảm số lượng các vi sinh vật có hại.

Khi bón phân hữu cơ: Nhiệt độ trong đất được giữ ổn định, đất sẽ không bị nóng lên hoặc hạ nhiệt độ xuống thấp đột ngột trong một thời gian ngắn. Các chất hữu cơ có trong phân sẽ thực hiện chức năng hạn chế khả năng thoát nước và bốc hơi nước, giữ ẩm tốt cho đất. Từ đó sẽ có tác dụng tiết kiệm nước tưới.

Bón phân hữu cơ cho đất có tác dụng giảm lượng phân bón hóa học: Không chỉ có tác dụng cải tạo đất, tăng độ phì nhiêu, chống xói mòn, hạn chế sự bạc màu,... phân bón hữu cơ còn giúp bà con tiết kiệm một lượng phân bón hóa học lớn. Vì trong phân bón hữu cơ cũng chứa hàm lượng dinh dưỡng cao hỗ trợ cho cây trồng phát triển và nâng cao năng suất.

Bón phân hữu cơ có tác dụng bảo vệ môi trường: Phân bón hữu cơ là dòng phân bón tái sử dụng những nguyên liệu có sẵn trong tự nhiên và những chất thải trong chăn nuôi, sinh hoạt, tàn dư đồng ruộng…. Đặc biệt khi sử dụng phân bón hữu cơ sẽ giúp hạn chế sử dụng phân bón hóa học và giảm thiểu lượng thuốc bảo vệ thực vật sử dụng cho mùa màng, giúp bảo vệ môi trường.

Và vấn đề đang thực sự được quan tâm đó là sức khỏe con người và động vật nuôi. Khi sử dụng phân bón hữu cơ đúng cách sẽ không gây ô nhiễm môi trường và không làm giảm chất lượng nông sản sau khi thu hoạch. Mang đến nguồn thực phẩm sạch, không gây hại cho sức khỏe của con người và động vật nuôi.

Chính vì vậy, nông nghiệp thế kỷ 21 không phải là nền nông nghiệp sinh học mà là một nền nông nghiệp sinh thái, nông nghiệp sạch. Để đáp ứng nhu cầu lương thực, thực phẩm ngày càng tăng, nhiệm vụ của loài người là phải tạo ra một nền nông nghiệp thâm canh bền vững. Trong đó cùng với việc sử dụng tối thích phân khoáng, tái sử dụng tàn dư thực vật làm phân bón, giảm đến tối đa những chất phế thải và mất nguồn dinh dưỡng để không làm ô nhiễm môi sinh. Đồng thời phải làm cho đất phát huy tác dụng tích cực hơn, trở thành nơi đồng hóa chất thải, biến chất thải thành nguồn chất dinh dưỡng, phụ phế phẩm nông nghiệp trở thành một phần của hệ thống sản xuất.